Joseph Kubert wurde am 18. September 1926 in der jüdischen Siedlung Yzeran im damaligen Südost-Polen (heutige Ukraine) geboren. Erst zwei Monate alt emigrierte er mit seiner Familie in die USA und wuchs fortan in der New Yorker East Side auf, wo sein Vater eine koschere Metzgerei führte.
Schon früh begann er mit dem Zeichnen und wurde darin von seinen Eltern unterstützt. Sie schickten ihn auf die High School of Music and Art in Manhattan, wo er Norman Maurer kennenlernte, mit dem er später des öfteren zusammen arbeiten würde.
Über seine ersten Arbeiten für Comics sind diverse Versionen im Umlauf. Seine erste nachgewiesene Arbeit war als Zeichner des Comics "Black-Out" in Catman Comics #8 vom März 1942. Bald darauf arbeitete er auch an dem Superhelden-Comic Blue Beetle. Außerdem kolorierte er die Sammelbände von Will Eisners "The Spirit" für Quality Comics.
1943 zeichnete er eines der ersten Superhelden-Teams, die Seven Soldiers of Victory, für DC Comics (damals All-American Comics). Obwohl er auch für viele kleinere Verlage arbeiten sollte, so erschien doch der Hauptteil seines Lebenswerkes bei DC.
In den 50ern arbeitete er als Redakteur für St. John Publications, wo er gemeinsam mit Norman Maurer und dessen Bruder Leonard die ersten 3D-Comics veröffentlichte. Dort kreierte er gemeinsam mit Maurer als Autor eine seiner berühmtesten Figuren, den Urmenschen Tor. Währenddessen arbeitete er weiterhin für DC an Serien wie Hawkman und Sgt. Rock.
In den 60ern gründete Kubert eine Familie mit seiner Frau Muriel und fünf Kindern, von denen zwei - Adam und Andy Kubert - später ebenfalls Comiczeichner wurden. Mit Muriel startete er in Dover, New Jersey, die bis heute angesehene Joe Kubert School of Cartoon an Graphic Art.
Von 1967-76 war Kubert bei DC als Director of Publications tätig. In dieser Funktion initiierte er diverse Comic-Adaptionen von Egar Rice-Burroughs-Charakteren, darunter Tarzan und dessen Sohn Korak. Für ersteren war er von 1972-75 auch selbst als Zeichner tätig.
Mit Autor Robert Kanigher schuf Kubert 1976 den jüdischen Superhelden Ragman.
Von den 80ern an war er nur noch sporadisch aktiv und konzentrierte sich mehr auf seine Schule. 1997 wurde Kubert in die Jack Kirby Comic Book Hall of Fame aufgenommen.
Noch einmal großes Aufsehen erregte Kubert mit der Graphic Novel "Yossel", in der er sein alternatives Schicksal schildert, wäre seine Familie in Polen geblieben.
Joe Kubert starb am 12. August 2012 im Alter von 85 Jahren. Er hinterlässt ein großes Erbe. Mit seinen umfangreichen Werken und auch seiner Schule beeinflusste er die amerikanische Comicwelt wie es nur wenige tun.